Dnia 1 stycznia 1961 obowiązki kierownika szkoły przejął Eugeniusz Mazurek, pod jego opieką pozostawało wówczas 700 uczniów;
Gdy w nowym roku szkolnym oddano do użytku drugą w Pruszczu Szkołę podstawową Nr 3, w „dwójce” pozostało 351 uczniów i dwunastu nauczycieli;
W roku szkolnym 1964/65 obowiązki kierownika szkoły przejmuje Bronisław Tocha, a na murach szkoły umieszczono tablicę ku czci Polaków więzionych w niej w pierwszych miesiącach 1939 roku;
We wrześniu 1967 roku młodzież z nauczycielami witała na naszym lotnisku prezydenta Francji Charlesa de Gaulle’a;
W dniu 2 września 1968 roku liczba uczniów wynosiła 561, a nauczycieli-23;
W XXV rocznicę powstania LWP nasza szkoła nawiązała współpracę ze stacjonującym w Pruszczu Pułkiem Śmigłowców Bojowych;
Na początku roku szkolnego 1969/70 było 16 oddziałów, w których uczyło się 635 uczniów w 10 izbach lekcyjnych, a pracowało 22 nauczycieli, stara „dwójka” zaczynała więc „pękać w szwach”;
W marcu 1970 roku w XXV rocznicę wyzwolenia Pruszcz młodzież uczciła pamięć poległych i zamordowanych na terenie naszego miasta w latach II wojny światowej, składając kwiaty pod Obeliskiem Bohaterów;
W roku szkolnym 1970/71 rozpoczyna się „święta wojna o nową szkołę” - rodzice powołują Komitet Budowy Szkoły Podstawowej Nr 2, przewodniczącą zostaje p. M. Höhn;
Dnia 7 kwietnia 1972 roku władze miasta podjęły decyzję o wybudowaniu budynku szkolnego;
W naszym obwodzie jest już 960 uczniów, z których 672 uczęszcza do starej „dwójki”, a 288 – konieczności – chodzi do SP Nr 1 i SP Nr 3;
Nowym dyrektorem szkoły w roku 1972/73 została Irena Prejs, w październiku 1972 roku wmurowano akt erekcyjny pod budynek nowej szkoły;
W wyniku przeprowadzonego wśród młodzieży konkursu patronem „nowej dwójki” wybrano Mikołaja Kopernika; rozpoczyna się gorączkowy okres przygotowań do pracy w nowej szkole;
Dnia 3 września 1973 roku odbyła się uroczysta, powiatowa inauguracja roku szkolnego 1973/74, nowej Szkoły Podstawowej Nr 2 w Pruszczu Gdańskim przy ul. Tysiąclecia 5 nadano imię wielkiego astronoma Mikołaja Kopernika, wręczono sztandar, dyrektorem szkoły został Krzysztof Sabiniarz, a grono pedagogiczne liczyło 29 nauczycieli;
W roku szkolnym 1975/76 pierwszy raz przyznano Nagrodę im. Mikołaja Kopernika za wyjątkowe osiągnięcia w dziedzinie nauki – otrzymali ją uczniowie: Ewa Karaś, Magdalena Marko, Grzegorz Ptach, a do dnia dzisiejszego 137 uczniów;
W latach siedemdziesiątych działały na terenie szkoły 4 drużyny harcerskie, 5 drużyn zuchowych, kilka kół zainteresowań: recytatorskie, dramatyczne, biologiczne, historyczne, chemiczne, fizyczne, a nasi najlepsi uczniowie zdobywali laury w olimpiadach na szczeblu wojewódzkim;
Zmiana na stanowisku dyrektora szkoły następuje w roku 1975, obowiązki przejmuje mgr Stanisław Groth; szkołę odwiedzają znani pisarze i poeci;